StoryEs sind nun ein paar Wochen vergangen, nachdem die Schlüsselschwertprüfung von Sora und Riku stattfand. Zwar ist nur Riku ein Meister geworden, aber Sora war es eigentlich egal.
Nun leben die Zwei mit Kairi weiterhin auf den Inseln und genießen den Frieden, auch wenn sie wissen, dass Xehanort wahrscheinlich immer noch existiert. Außerdem hatte sich Sora noch geschworen, "ihnen" zu helfen.
Ventus wartet nur darauf wieder zu erwachen.
Aqua ist noch im Reich der Dunkelheit gefangen.
Terra ist immer noch gefangen.
Und noch viele andere warten auf Sora.
Eines Tages schläft Sora auf der Insel ein und merkt dies nicht, obwohl er schon längst wieder auf dem Festland sein müsste. Aber selbst Riku und Kairi sind auf der Insel eingeschlafen und wissen nichts davon.
Mitten in der Nacht wacht Sora jedoch auf. Er wundert sich sehr, was er hier verloren hatte und wieso er eingeschlafen war. Ohne weiter nachzudenken wollte er sofort aufs Festland, weswegen er zu den Booten lief. Doch so wie das Schicksal es will, bricht er mittendrin zusammen und ihm wird alles schwarz vor Augen.
Am nächsten Morgen wacht er auf und dachte sich, alles wäre nur ein Traum gewesen. Doch da liegt er falsch, als er bemerkt, dass er sich in einer Gefangenenzelle befindet. Aber auch Riku und Kairi sind nun nicht mehr auf der Insel und sind woanders erwacht.
Jedoch schafft es Sora auszubrechen und findet sich - seltsamerweise - im Schloss des Biestes wieder. Und nicht nur das; Auch steht direkt vor dem Tor ein Gumi-Jet, und zwar das Alte von Sora, Donald und Goofy. Sora muss dennoch feststellen, das die Zwei nicht an Bord sind. Nun legte der Auserwählte fest, dass er sich nun auf die Suche von Riku und Kairi macht, um dann wieder zurückzukehren. Aber Sora erinnert sich an die einen Worte, dass alle Schlüsselschwertträger zusammenfinden müssen, um so Xehanort zu besiegen.
Und Sora wird langsam klar, dass er wohl nicht umsonst nicht in seiner Welt erwacht ist...
Wer bist du?
Welchen Weg wirst du gehen?
Auf wessen Seite wirst du stehen?
Und wirst du versuchen, Xehanort endlich ein Ende zu setzen?